A Direção é o órgão executivo da ANEN, sendo responsável por organizar os diversos projetos desta associação, bem como representar os estudantes a nível nacional e internacional. A Direção é composta pelo Núcleo de Gestão, pelo Departamento de Política e Relações Externas, o Departamento de Formação e Estágios, o Departamento de Ação Social e o Departamento de Comunicação e Imagem.
A Mesa da Assembleia Geral é responsável por conduzir a Assembleia Geral, o órgão deliberativo máximo desta Federação.
O Conselho Fiscal é um órgão de natureza consultiva e fiscalizadora, ao qual compete verificar o cumprimento dos Estatutos da ANEN e demais documentos reguladores, bem como o Plano de atividades e Orçamento, elaborando os respetivos pareceres.
O Senado é o órgão social no qual se fazem representar todos os Associados da ANEN.